基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制          下载免费PDF全文

雷彩云  刘人杰  田立峰 《应用海洋学学报》2021,37(11):178

目的：运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制。方法：从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证。结果：共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个。PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点。富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌。分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合。结论：本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考。  相似文献   

基于网络药理学-分子对接探索大黄牡丹汤治疗大肠癌的作用机制          下载免费PDF全文

梁子成  文璐  陈泓秀 《应用海洋学学报》2021,37(10):177

目的：利用网络药理学-分子对接技术探索经方大黄牡丹汤治疗大肠癌的作用机制。方法：通过TCMSP、TCMID数据库获得大黄牡丹汤药物成分,通过PubChem、Swisstarget prediction数据库获得药物成分对应靶点,分析GSE113513芯片获得差异基因,随即获取大黄牡丹汤与大肠癌的共同靶点。利用R、Cytoscape、Autodock软件进行PPI、GO、KEGG、分子对接等分析。结果：获得大黄牡丹汤靶点561个,大肠癌差异基因1227个,共同靶点71个。共同靶点的通路富集分析显示主要与PPAR、p53等信号通路相关,Reactome机制分析显示大黄牡丹汤治疗大肠癌主要通过影响信号转导、免疫系统、疾病等产生作用,分子对接结果显示大肠癌核心靶点与大黄牡丹汤主要成分亲和力较好,能够有效自由结合。结论：经方大黄牡丹汤可通过多层次、多途径、多靶点发挥对大肠癌的治疗作用。  相似文献   

基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究     

吴仁协  肖瑶  牛素芳  翟云  张浩冉  陈伟勇  黎晓 《海洋与湖沼》2019,50(2):365-377

黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。  相似文献   

海洋有害藻华研究进展   总被引：3，自引：0，他引：3  

林森杰  姬南京  罗昊 《海洋与湖沼》2019,50(3):495-510

浮游植物不仅是食物链的基础环节,也在生物地球化学循环中起着重要作用。然而,某些种类在一定条件下会过度增殖富集形成有害藻华(因造成水色变为红、绿、褐、金等颜色,所以俗称为赤潮、绿潮、褐潮、金潮等),结果严重影响当地经济、海洋生态系统、全球生物地球化学循环甚至人类健康。近年来,随着水体富营养化、全球气候变化等现象加剧,有害藻华(Harmful Algal Bloom,HAB)的暴发规模和频次呈逐年增加趋势,且相关研究已成为环境生态学领域的热点。本文主要以典型海洋HAB生物为线索,从物种分布、生物监测、主要影响因素、分子机制及防治等方面概述了近十年HAB的主要研究进展,总结了现有研究的优点和不足,并对未来HAB研究做了相关展望。近十年的研究进展主要体现在:(1)不断有新的HAB物种被发现或鉴定,HAB藻类系统分类也不断被更新;(2)鉴定、检测方法包括DNA分析、生物传感器研发应用等有较大改进;(3)藻类毒素生物合成通路的研究有一定进展;(4)在HAB生态学与海洋学研究持续发展的基础上,分子机制及现代组学发展较迅速。然而, HAB发生的关键环境诱因和生物学(特别是生化与分子)机制仍然不是很清楚,缺乏一个可用来预测HAB暴发的关键因子。笔者认为,一方面是因为HAB的复杂性、种类及生态系统的特异性,另一方面是研究缺乏系统性与完整性。因此未来有必要加强对每一个重要的HAB原因种开展系统、持续的研究,类似于生物科学领域里的模式种研究,并且有必要开展综合性的研究,如实验室单种培养、中尺度模拟及现场生态研究相结合,整合现代组学、传统生理生态学和现场实时连续观测等技术。  相似文献   

Population connectivity of an overexploited coastal fish,Argyrosomus coronus (Sciaenidae), in an ocean-warming hotspot     

R Henriques  WM Potts  CV Santos  WHH Sauer  PW Shaw 《African Journal of Marine Science》2018,40(1):13-24

The West Coast dusky kob Argyrosomus coronus is a commercially exploited fish with a distribution confined to the Angola–Benguela Frontal Zone (ABFZ) of the southeastern Atlantic Ocean. A previous study revealed that during a recent period of local warming the species extended its distribution into Namibian waters, where it hybridised with the resident and congeneric Argyrosomus inodorus. Environmental changes are a major threat to marine biodiversity and when combined with overfishing have the potential to accelerate the decline of species. However, little is known regarding the evolutionary history and population structure of A. coronus across the ABFZ. We investigated genetic diversity, population structure and historical demographic changes using mtDNA control region sequences and genotypes at six nuclear microsatellite loci, from 180 individuals. A single, genetically homogeneous population was indicated across the distributional range of A. coronus (φ_ST = 0.041, F_ST = 0.000, D = 0.000; p > 0.05). These findings imply that the oceanographic features within the ABFZ do not appear to significantly influence population connectivity in A. coronus, which simplifies management of the species. However, reconstruction of the demographic history points to a close link between the evolutionary history of A. coronus and the environmental characteristics of the ABFZ. This outcome suggests the species’ vulnerability to the rapid environmental changes being observed across this region, and highlights a pressing need for transboundary management to mitigate the impacts of climate change in this global hotspot of seawater temperature changes.  相似文献   

九孔鲍BMP-2基因cDNA克隆及表达分析     

艾加林  栗志民  刘建勇  申玉春 《海洋科学》2018,42(8):107-115

为探究BMP-2基因在九孔鲍(Haliotisdiversicolorsupertexta)中的功能,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍外套膜中获得了BMP-2基因cDNA全长,并用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了BMP-2基因在各组织和发育时期的表达水平。结果表明:九孔鲍BMP-2基因cDNA全长2572bp,其中5′非编码区(5′UTR)123bp, 3′非编码区(3′UTR)1150bp,开放阅读框(ORF)为1299 bp,编码432个氨基酸,其分子质量为48.59ku,理论等电点(pI)为9.84;具有N端信号肽(1-39 aa)、TGF-β前肽区域(63-294 aa)和TGF-β成熟肽区域(331-432 aa),以及蛋白酶水解位点RLRR (272-275 aa)和7个保守的半胱氨酸残基,符合TGF-β超家族蛋白典型结构特征。系统进化树结果显示九孔鲍BMP-2基因和耳鲍聚为一支。qRT-PCR结果表明BMP-2基因在九孔鲍的6个组织中均有表达,在足、右侧壳肌、外套膜及肝脏中显著高表达;在检测的7个发育时期均表达,其中在受精卵、4细胞、8细胞、原肠胚、稚鲍时期表达量显著高于卵、幼鲍时期。研究表明BMP-2基因可能在九孔鲍贝壳形成中具有重要作用。  相似文献   

Researches on the Internal Molecular Weight Uniformity of Chitosan Biomaterials     

LANG Xuqian  LI Yang  SUN Guohui  ZHOU Zhongzheng  LI Jing  FENG Chao  KONG Ming  LIU Ya  CHENG Xiaojie  CHEN Xiguang 《中国海洋大学学报(英文版)》2020,19(2):459-465

Uniform molecular weight(Mw)chitosan(CS)is highly demanded in medical biomaterial industry.This present article described heterogeneous degradation of CS in aqueous HCl/ethanol solution,in which progress uniform Mw CS was successfully prepared.The Mw distribution of CS was measured by gel permeation chromatography(GPC)analysis.Moreover,the structure and properties of degraded CS were characterized by Fourier transform infrared spectroscopy(FT-IR),nuclear magnetic resonance spectroscopy(^1H NMR),X-ray diffraction(XRD)and thermogravimetric(TG)analysis.In addition,the biocompatibility of degraded CS was also assessed by hemolysis rate(HR)measurement.The Mw of CS dramatically decreased from 246 KDa to 76 k Da at the initial 30 min,and stabilized at 18 kDa after 24 h.GPC analysis results showed that the degraded CS molecular become homogenization.FT-IR and 1 H NMR analysis confirmed the basic structure of CS molecular backbone was not destroyed during this progress.Besides,the water solubility of CS was not significantly influenced by this reaction.Moreover,the XRD analysis revealed that crystallinity of degraded CS increased from 70.32% to 99.25%with time.The TG analysis showed improved thermal stability of degraded CS.HR measurement demonstrated the degraded CS possessed excellent biocompatibility.This simple and efficient heterogeneous degradation would open up a new route to produce uniform Mw CS.  相似文献   

济阳坳陷古近纪沟鞭藻分子化石的分布与控制因素     

王广利  王铁冠  陈致林  张林晔  徐金鲤 《沉积学报》2008,26(1):100-104

济阳坳陷古近纪沟鞭藻化石十分丰富,沟鞭藻为有机质富集层的形成作出了重要贡献。三芳甲藻甾烷和甲藻甾烷是沟鞭藻及其祖先在古代沉积物中两种重要的存在形式,并且它们几乎专一性地由沟鞭藻提供。研究发现,沟鞭藻的不同属种,德弗兰藻属、多刺甲藻属、渤海藻类等,均可以提供丰富的三芳甲藻甾烷和甲藻甾烷,但是三芳甲藻甾烷和甲藻甾烷对沉积环境的变化具有不同的响应。在淡水、半咸水、咸水等不同水介质条件下,三芳甲藻甾烷指数稳定分布在0.50～0.96之间,高丰度的三芳甲藻甾烷与地层中丰富的沟鞭藻化石相一致,因而三芳甲藻甾烷是指示沟鞭藻输入的有效分子化石。甲藻甾烷的丰度与古沉积环境存在密切关系,高盐环境有利于甲藻甾烷的形成和保存,随着盐度的降低甲藻甾烷指数在0.04～0.74这样一个较大的范围内变化,其发育程度与有机质沉降过程中和成岩作用早期遭受的微生物降解作用有关,强烈的生物降解不利于甲藻甾烷的保存。  相似文献   

基于细观试验和离散元法的盐岩力学特性     

胡唯哲  谢凌志  岑望来  殷实  罗云川  赵鹏 《岩土力学》2018,39(6):2073-2081

当前盐岩的宏观力学模型通常是唯象模型,不能很好地解释盐岩受力变形破坏的真正物理基础。盐岩是由于化学沉积而形成的矿物集合体,是一种主要由NaCl和少量杂质组成的多晶体,其变形机制主要由晶粒与晶界的力学特性控制。通过扫描电镜（SEM）,获得盐岩晶粒的微细观结构特征,采用分子动力学方法和纳米压痕技术,确定盐岩晶粒和晶界的微细观力学参数;将盐岩晶粒作为块体,基于Voronoi多边形技术,建立盐岩的微细观数值模型;利用离散元方法,对盐岩试件在单轴压缩和直剪条件下的宏观力学行为进行了数值模拟。数值模拟结果与宏观力学试验结果吻合度高,表明基于盐岩微细观晶粒结构特征并结合离散元数值模拟的方法能够较好地研究盐岩的宏观力学性能及其材料物理基础。  相似文献   

基于形态学与核糖体DNA及其cDNA高通量测序的海洋沉积物中纤毛虫多样性比较     

黄平平  赵峰  徐奎栋 《海洋与湖沼》2017,48(2):285-296

高通量测序技术广泛应用于环境真核微生物多样性的研究,可检获较之传统形态学方法更高的多样性。然而,检获的高分子多样性与基于形态的物种多样性在构成上的差异仍然不明。本研究首次对比分析了基于形态学的南黄海沉积物中的纤毛虫物种多样性与基于核糖体18S DNA和c DNA高通量测序的多样性异同。结果表明:形态鉴定获得8纲、20目、30科、36属共97种纤毛虫;DNA测序检获10纲、28目、55科、76属共174个OTUs;而通过c DNA测序获取的纤毛虫多样性最高,获10纲、31目、68科、99属共284个OTUs。研究发现,形态学方法检获的纤毛虫均为底栖生纤毛虫;两种分子手段检获的多样性更高,群落结构更为近似,覆盖了形态鉴定所获的绝大部分类群。但DNA测序还检获了序列比例高达90%的浮游类群,可能源于包囊或死亡沉降的物种;而c DNA测序检获了约7%的浮游纤毛虫序列。较之DNA测序,c DNA法检获的底栖纤毛虫在群落结构上与形态学结果更为接近。本研究表明,分子手段有助于更全面地揭示沉积物中的纤毛虫多样性,DNA测序可同时揭示休眠包囊、胞外DNA及过去群落的信息,而c DNA测序在研究活动纤毛虫多样性上更有优势。  相似文献